Ameliyat esnasında, anestezi için gerekli ilaçların ve serumların uygulanabilmesi için, damaryolu takılır. Bu damaryolu, ameliyat sonrasında, bebek yeterince beslenene ve ilaca veya seruma ihtiyacı kalmayana dek takılı kalacaktır. Ancak, bazen çok hareketli bebeklerde bu damaryolunu, ne kadar dikkatli davranılsa da korumak zor, bazen imkansız olabilir. Damaryolu herhangi bir nedenle çıkarsa yeniden takmak gerekebilir. Ameliyat sırasında yapılan bazı ilaçlarla, bebeklerin operasyon bölgesine ait ağrı duymaları engellenir. Bu ilaçlara operasyon sonrasında da devam edilecektir. Operasyon sırasında, bebeklerin, ağrı duymaları, cerrahi işlemi farketmeleri ve bundan rahatsızlık duymaları anestezi ilaçları ile engellenir. Bu sırada, bebeklerin, kalp atım sayısı, tansiyonları, kanlarındaki oksijen, vücut sıcaklıkları, ve tüm yaşamsal bulguları her an izlenir, duruma göre önlem alınır, tedavi yapılır. Operasyonun bitiminde anestezi ilaçlarının uygulanmasına son verilerek bebekler anesteziden uyandırılırlar. Anesteziden uyanıp, etrafını farketmeye başladığında, eğer şartlar uygunsa, ebeveynlerini, anesteziden derlenme odasına alarak bebeğin daha huzurlu olması sağlanabilir. Ameliyat sonrasında, ağrıları dindirilse de, bu bebekler, operasyona bağlı yeni yapı nedeniyle ilk birkaç gün beslenmede zorluk yaşayabilirler. Geçirilen operasyon, verilen ilaçlar, ameliyat sonrasındaki huzursuz dönem nedenleriyle bazen bu bebeklerin uyku düzenlerinde değişiklikler olabilir.
Bebekler bu yaşlarda, ebeveynlerinden ayrıldıklarında bu ayrılığı çok farketmez ve bu onlarda olumsuz bir duyguya yol açmaz. Ameliyat esnasında, pediatrik anestezi uygulamasının temel ilkelerine ek olarak, bu bebeklerin varolan özelliklerine de özen gösterilmelidir. Bu özelliklerin önemli bir kısmı havayolu ve solunum sistemi ile ilgilidir. Anestezi esnasında bebeğin solunumunun güvence altında olabilmesi için nefes borularına ince bir tüp yerleştirilir. Bu bebeklerin anatomik olarak yapılarındaki değişikliklere bağlı olarak bu tüpün yerleştirilmesi zor olabilir.